巢湖市（原巢县）的历史源远流长，有文字记载的历史就有三千多年。
商时地属南疆，故名南巢。《尚书·仲虺之诰》：”成汤放桀于南巢。”
周时为巢（伯）国地。春秋时为楚属国。四至大致东到昭关（今属含山县），西至庐江，南达长江，北到巢湖。巢国多次被吴国所占，《春秋》：鲁哀公十二年（公元前483年），”公会吴于橐皋”，即今柘皋。周元王四年（公元前472年），越灭吴，巢国还楚。
秦统一后，置郡县，柘皋一带为橐皋县，巢湖以南为居巢县，也作居鄛。两县均属九江郡。汉高祖四年（公元前203年）设淮南国，领居巢。景帝四年（公元前153年），居巢改属庐江郡（橐皋仍属九江郡）。东汉橐皋归逡遒县（今肥东），居巢为刘般封国，称居巢侯国。东汉末年，袁术占据淮南，重立居巢县。建安三年（公元198年），居巢属吴。二十二年曹操占居巢，此后一直隶属曹魏。西晋在原居巢境分设居巢、临湖、襄安，隶属庐江郡。南北朝设南豫州，领南礁郡；刘宋大明三年（公元459年），居巢易名蕲，隶属刘宋。萧齐因之。南梁置合州，蕲所在的南谯郡属之。
唐武德三年（公元620年），析襄安为开城、扶阳两县，隶属巢州。七年州废，合两县名巢县（巢县一名，当始此），隶属庐州。贞观元年（公元627年），分天下为十道，巢县属淮南道。天宝元年（公元742年），改州为郡，隶属庐江郡。至德元年（公元756年），归淮南军领辖，次年庐江郡改为庐州，随属之。五代始属唐。天五年（公元908年）唐亡，归吴。后晋天福二年（公元937年）属南唐，归昭顺军。后周显德五年（公元958年）归保信军。
北宋太平兴国三年（公元978年）设无为军，治所在巢县城口镇（今无为县城），领巢县、庐江二县。至道二年（公元996年），县治设巢城（今巢湖市址）。熙宁三年（公元1070年），析巢县南、庐江东置无为县。至此，今巢湖市的四至基本确定。南宋景定三年（公元1262年），升巢县为镇巢军，属沿江制置使司。元至元十四年（公元1277年）设无为路，镇巢军隶之。二十三年再称巢州。二十八年，置巢州为县。自此巢县名至改置巢湖市前一直未变。泰定二年（公元1325年）分天下为十八道，巢县属淮西道。至顺三年（公元1332年）归淮南江北行省。至正二十四年（公元1364年），朱吴设中书省，巢县隶庐州府无为州。清废州设府。顺治十八年（公元1661年），巢县属庐州府，归江南左布政使辖；康熙元年（公元1667年）改属安徽省，后属安庐滁和道辖